876年（貞観18年）に寺院として改められ、明治初頭まで天皇もしくは皇統の方が門跡を務めた格式高い門跡寺院。
嵯峨天皇の草木に対する思いを受け継いだいけばな嵯峨御流の総司所（家元）でもあり、花を描いた襖絵や天井画も多く、花の寺としても知られている。境内には3ケ所440枚の天井絵があり、霊明殿は非公開だが、大沢池そばの蓮華殿天井絵は特別公開時のみ、安井堂の天井絵はいつでも鑑賞することができる。

平安時代の儒学者・清原頼業公をご祭神とする車折神社。学業の神様であるほか、商売繁盛、金運、良縁などの御利益が知られている。
花天井があるのは、 本殿に続く拝殿の拝所。見上げると36枚の絵が一面に。モチーフになっているのはユリやアジサイ、キクといった花のほか、スイカやかぶなどの野菜、魚が泳ぐ姿や木の枝にとまる鳥もいて、美しく、とても華やか。

1200（正治2）年に医王教寺の塔頭寺院として建立された。毎年夏には風鈴まつりが催され、京都の風鈴寺とも呼ばれている。
客殿を彩る160枚の天井画は、本堂内陣にある江戸時代の天井画の復興として作られた。約90名の日本画家が協力し、花もしくは日本を感じる風景をテーマとして思い思いに描いたという。伝統的な顔料の岩絵具を使い杉板に表現された作品は椿やクレマチスなど和洋の花々、秋の渡月橋や鯉のぼり、舞妓、青海波など実にさまざまだ。それでも見事に調和しており、圧倒される美しさ。

732（天平4）年、林聖上人を開基とする高野山真言宗の寺院。関西花の寺25ヶ所の第二番礼所で、季節によって蓮やツツジ、椿などの花を愛でることができる。
花天井が描かれている本堂は、元禄時代に建立された本堂の老朽化により、平成14年から15年にかけて全面改築され現在の姿へ。その時に描かれた花天井は、円山応挙による円山派直系の円山慶祥、円山真祥による「瑠璃光華曼荼羅図」。秋田杉の板に直接描かれた花は96面あり、朝顔や紫陽花、桜など身近な草花が多く描かれている。

809（大同4）年に弘法大師が神護寺の守護神として、自ら描いた僧形八幡神像を神体に創建。室町時代に焼失したが、時の将軍・足利義満によって再建された。
現在の社殿は1826（文政9）年に仁孝天皇の命を受けて修復されたもの。本殿内陣の花天井も当時のものであり、花やカンゾウといった薬草などの植物が44面に渡り極彩色で描かれている。毎年春と秋に公開され、宮司の佐々木俊輔さんの解説とともに拝観することができる。椿や高雄もみじの名所としても有名で、秋の特別公開では見頃と重なる時期も。