平安初期、嵯峨天皇が檀林皇后とのご成婚に際して離宮として建立された嵯峨院が前身。弘法大師空海を宗祖として仰ぎ、貞観18（876）年に寺院として改められた。明治初頭まで天皇もしくは皇統の方が門跡（住職）を務めた格式高い門跡寺院。また嵯峨天皇の草木に対する思いを受け継いだいけばな嵯峨御流の総司所（家元）でもあり、花を描いた襖絵や天井画も多く、花の寺としても知られている。境内には3ケ所440枚の天井絵があり、霊明殿は非公開だが、大沢池そばの蓮華殿天井絵は特別公開時のみ、安井堂の天井絵はいつでも鑑賞することができる。

東山にあった安井門跡蓮華光院の御影堂を明治4（1841）年に移築。江戸時代中期に制作。絵師は不明。格天井鏡板には花や鳥、法具、奥の折上の鏡天井には雲龍が描かれている。

大沢池のほとりにある蓮華殿天井絵のテーマは「華曼荼羅」。平成29年に73名の嵯峨美術大学の関係者によって制作された78点を展示。

勅使門からまっすぐ北の方向に建つ心経前殿は、大正天皇ご即位に際して建てられた饗宴殿を移築したもの。心経前殿から見える勅封心経殿には嵯峨天皇などの直筆の般若心経が所蔵されている。一字一願般若心経の体験可能。

江戸時代初期に後水尾天皇より賜った、徳川二代将軍・秀忠の娘である東福門院和子が使用していた女御御殿。格式が高い部屋を表す牡丹の間の折上小組格天井や、蔀戸の留金部分に施した蝉の装飾など見どころ多数。

大覚寺境内の東に位置する大沢池は、嵯峨天皇が離宮を造営の際に作られたという日本最古の人口の林泉庭園。夏はスイレンやハスの開花、秋は紅葉の色が映り込んだ水鏡など、季節ごとの風景が楽しめる。

9月12日まで霊宝館で特別展「永遠に継ぐ 源氏の重宝」を開催中。源氏歴代の重宝として伝わる薄緑（別名／膝丸）をはじめ、戦後GHQによって行われた刀狩りの際の英文ラベルなど、名刀が歩んだ歴史も紹介。料金500円。